Rôle fonctionnel de la régulation épitranscriptomique chez l’huître creuse Crassostrea gigas

Les modifications épitranscriptomiques, telles que la méthylation de l’ARN (notamment la m⁶A), constituent un niveau supplémentaire de régulation de l’expression des gènes. Elles interviennent dans des processus essentiels comme l’épissage alternatif, la traduction ou encore la stabilité des ARN, notamment chez les Mammifères et les Ecdysozoaires. Par exemple, chez les Mammifères femelles, la m⁶A joue un rôle clé dans l’inactivation d’un des chromosomes X, en favorisant la fixation à la chromatine d’un ARN non codant méthylé, ce qui conduit à la compaction et l’inactivation du chromosome.

Chez l’huître creuse, des travaux antérieurs ont montré que la méthylation des ARN est corrélée à l’expression des gènes durant le développement précoce. Toutefois, la fonction précise de cette régulation reste encore largement inexplorée chez les Lophotrochozoaires, un groupe qui présente pourtant une biodiversité importante.

L’objectif de ma thèse est d’étudier les rôles de la régulation épitranscriptomique à différents stades : au cours du développement embryonnaire et larvaire, mais aussi chez les adultes, dans le cadre d’une éventuelle compensation du dosage chromatinien. Nous analyserons également les motifs susceptibles d’être méthylés comme indicateurs potentiels de la méthylation effective, et mettrons ces résultats en perspective grâce à des comparaisons phylogénétiques avec d’autres espèces.

Mon projet de thèse a donc pour objectif de traiter les questions suivantes :

• Objectif 1 : Quel est le rôle de la régulation épitranscriptomique durant le développement embryo-larvaire de l’huître ?
• Objectif 2 : Existe-t-il, chez les huîtres triploïdes capables de se reproduire, un mécanisme de compensation du dosage chromatinien médié par la méthylation des ARN non codants (m6A-carRNA), analogue à celui observé chez les Mammifères femelles lors de l’inactivation du chromosome X ?
• Objectif 3 : La présence de motifs méthylables permet-elle de prédire la méthylation réelle ?

Ces travaux contribueront à une meilleure compréhension de la régulation épitranscriptomique chez les Lophotrochozoaires, dans un cadre évolutif global.