m6A-RNA epitranscriptomes regulate splicing and neuronal development in the Pacific oyster Crassostrea gigas
Natacha Clairet, Hélène Auger, Roberto-Carlos Arredondo-Espinoza, Hugo Koechlin, Benoît Bernay, Lukas Manoury, Didier Goux, Guillaume Rivière.
La N6-méthyladénosine (m6A) est un régulateur clé de l’expression génique au cours de l’embryogenèse et de la neurogenèse chez les Mammifères et les Insectes. Cependant, son importance fonctionnelle demeure méconnue chez les Lophotrochozoaires, notamment chez l’huître creuse Crassostrea gigas, bien qu’elle soit associée à l’expression des gènes au cours du développement.
Nous avons traité des embryons d’huître au STM2457, un inhibiteur de l’ARN-méthyltransférase METTL3. La réduction du taux d’ARN m⁶A chez les embryons traités a induit des altérations morphologiques, tandis que des analyses immunohistochimiques de la sérotonine (5-HT) ont révélé une altération du développement neuronal. Les analyses transcriptomique et protéomique ont montré que l’inhibition de m⁶A perturbait à la fois la transcription et la traduction. Le séquençage des épitranscriptomes a révélé que cette inhibition augmentait la longueur des transcrits par rétention d’exons et d’introns, suggérant un recrutement des facteurs d’épissage aux jonctions intron-exon dépendant de la m⁶A.
Dans l’ensemble, nos résultats soutiennent un rôle essentiel de la méthylation m⁶A dans la différenciation et le développement neuronal chez l’huître, via la régulation de l’épissage alternatif. Cette étude apporte la première démonstration d’un rôle fonctionnel de la m⁶A dans le développement des Lophotrochozoaires, offrant de nouvelles perspectives éco-évo-dévo sur les processus épitranscriptomiques.