Discipline : Structuration d’une population marine migratrice par une approche multicritère (dont transcriptomique/protéomique).
Acronyme : PHILOSEPIA
Direction de thèse : ROBIN Jean-Paul – co-direction Joël HENRY
Financement : Contrat doctoral établissement à l’ Université de Caen Normandie
Equipe : UR7482 MERSEA “Marine Ecosystems and oRganisms reSEArch lab”
Ecole Doctorale : ED 497 NBISE (Normande de Biologie Intégrative Santé Environnement)
Contexte :
Le projet de thèse PHILOSEPIA est proposé dans le cadre du projet MOBIDIC “Magnetic fields and mOllusc BIoDiversity in the sea – understanding the Impacts of offshore wind farms in the Channel” financé par les fonds « biodiversité – éolien en mer »
Description du sujet de thèse:
L’évaluation scientifique des conditions d’exploitation durables des ressources vivantes et de la biodiversité marine passe par l’étude d’unités de gestion (« stocks » ou « phase exploitable d’une population »). Pour leur modélisation, ces unités doivent être homogènes du point de vue génétique mais aussi au niveau leur cycle biologique et migratoire.
La seiche Sepia officinalis en Manche a jusqu’à présent été évaluée comme un stock unique capturé majoritairement en hiver dans la zone centrale de l’Ouest de la Manche. La dernière recherche de différences génétiques entre les géniteurs des zones côtières où la ponte a lieu au printemps date du projet Interreg CRESH (Shaw, 2012). Elle n’avait pas permis de détecter des différences significatives entre zones alors qu’une structuration génétique a été observée entre sites autour de la péninsule Ibérique (Perez-Losada et al., 2007).
L’hypothèse du « homing » (ou philopatrie) pour les seiches de Manche (retour des géniteurs vers leur site d’éclosion) peut maintenant être testée avec des outils génétiques ou génomiques plus performants et discriminants ainsi qu’une approche multi-critères comme cela a été appliqué au calmar Loligo forbesii (Sheerin et al., 2022). En fonction du degré d’indépendance des frayères côtières et des trajets empruntés lors des migrations, les diagnostics concernant la conservation de cette importante ressource pour la pêche devront être adaptés.
Dans un premier temps, les zones côtières où seront récoltées les seiches comparées concerneront les eaux normandes (Ouest Cotentin, Baie de Seine, Côte d’Albâtre) avant une couverture géographique plus large.
Les critères recherchés concerneront l’hologénome, le polymorphisme transcriptomique, et les marqueurs moléculaires utilisés pour l’ADN environnemental mais aussi des analyses microchimiques (par ex. composition en éléments traces au long de profils de pièces dures).
En fonction du degré d’indépendance des frayères côtières et des trajets empruntés lors des migrations, les diagnostics concernant la conservation de cette ressource importante pour la pêche devront être adaptés.
L’analyse des routes empruntées par les seiches lors de leurs migrations est déjà initiée à travers la localisation des chalutiers français dotés du système VMS. Il sera utile de la compléter par des analyses d’ADN environnemental réalisées afin de vérifier le passage des seiches par des zones de fonds durs impraticables par les chaluts.
Dans un premier temps, les zones côtières où seront récoltées les seiches se situeront dans les eaux normandes (Ouest Cotentin, Baie de Seine, Côte d’Albâtre) avant une couverture géographique plus large.
Les critères utilisés s’appuieront sur
1) le polymorphisme transcriptomique et protéomique,
2) des marqueurs moléculaires utilisés pour la génétique des populations et pour l’ADN environnemental
3) et sur des analyses microchimiques à partir de pièces dures ou calcifiées (Guo et al., 2025).
Profil recherché :
Le profil recherché est celui d’un étudiant en Master Sciences de la mer, en écologie marine ou équivalent, maîtrisant les approches moléculaires et protéomiques. Une compétence complémentaire serait d’être capable d’appliquer avec R les analyses statistiques (de type PERMANOVA) nécessaires à la comparaison d’échantillons du point de vue des différents critères avec lesquels ils seront analysés.La participation à la récolte des échantillons impliquera un travail sur le terrain et des embarquements.
La capacité de communication écrite et orale, notamment en anglais, est également nécessaire pour une valorisation des résultats et pour une présentation aux parties prenantes et au groupe d’experts du CIEM
La thèse commencera le 1er octobre 2026 pour une durée de 36 mois avec un financement allocation établissement Université de Caen Normandie.
Le dossier de candidature doit comprendre un CV, une lettre de motivation ainsi que les relevés de notes des 3 dernières années.
Le dossier est à adresser par voie électronique à : jean-paul.robin@unicaen.fr et joel.henry@unicaen.fr
Date de clôture des candidatures : Vendredi 15 mai 2026, 12h
Examen des candidatures : du 18 mai au 5 juin au niveau du laboratoire d’accueil, audition en présentiel le 22 juin par l’école doctorale EDnBise
Démarrage du contrat doctoral : 1er octobre 2026
Mots-clés : Homing (philopatrie), polymorphisme protéomique, structure génétique, approche multicritère, gestion des stocks